伊斯兰教在旧中国称“回教”、“回回教”、“清真教”、“天方教”等，这是7世纪初阿拉伯半岛麦加人穆罕默德创立的一种宗教，与佛教、基督教并列为世界三大宗教。“伊斯兰”一词是阿拉伯语“顺从”的意思，即信仰真主为唯一的神，穆罕默德是真主的使者；所信奉的《古兰经》是真主“启示”的经典；相信世间一切事物都是真主的“前定”。伊斯兰教徒要遵守五项功课，即：念（相信真主、念经祈祷）、礼（面向麦加，一天作五次礼拜，每礼拜五到清真寺参加聚礼）、斋（封斋，每年伊斯兰教历九月，教徒每天从黎明到日落要戒除饮食和房事）、课（缴纳宗教税）、朝（有条件的，一生要到圣地麦加朝觐一次）。除五功外，每年要过开斋节、肉孜节、古尔邦节等，此外还有其他一些宗教活动。

伊斯兰教大约是公元10世纪中叶传入新疆的。伊斯兰教传入前，新疆各少数民族曾信仰过萨满教、摩尼教、袄教、景教、佛教等。公元10世纪中叶，随着阿拉伯帝国势力的东进，伊斯兰教开始向新疆传入，喀拉汗王朝的著名可汗苏里唐·布格拉首先皈依伊斯兰教，喀什成了伊斯兰教的传播中心。后来伴随萨曼尼王朝向外不断扩张伊斯兰教势力，于田也成了伊斯兰教的又一个基地。到13世纪，伊斯兰教传到了阿克苏、库车、焉耆、伊犁等地区。15世纪初伊斯兰教在吐鲁番盆地占居优势，15世纪末哈密地区的居民也开始信奉伊斯兰教。

现在新疆信仰伊斯兰教的有10个少数民族，即维吾尔族、哈萨克族、回族、柯尔克孜族、塔塔尔族、乌孜别克族、塔吉克族、东乡族、撒拉族、保安族。其中前7个民族是新疆的世居民族，后3个是解放后从内地陆续迁来的。人口合计约760多万，占新疆人口的58％左右，伊斯兰教有各种教派，传到新疆的主要是逊尼派中的大伊玛目哈乃斐派和什叶派中的伊斯玛伊勒派，以及苏非派（衣禅派）。新疆的维吾尔、哈萨克、回、乌孜别克、塔塔尔等民族的大多数人信仰逊尼派；维吾尔、乌孜别克等民族中也有相当一部分人信仰苏非派；塔吉克、柯尔克孜等民族基本上都信仰什叶派中的伊斯玛伊勒派，新疆是中国伊斯兰教寺院最多的地区，各地均有分布，比较著名的有喀什的艾提尕尔清真寺、库车大寺、莎车的加玛清真寺和阿孜那清真寺、乌鲁木齐的陕西大寺和南门寺、伊犁的拜士拉寺、和田的居曼寺等。